根据《招标投标法》第四十六条第一款、《建设工程司法解释一》第二十一条的规定，对中标合同进行实质性变更的，以中标合同作为结算依据，但实践中对于实质性内容的理解存在争议。

该条文厘清了实质性内容变更的范围以及变相背离实质性内容的情形，明确确认有关背离中标合同实质性内容的约定无效。但在征求意见过程中被广泛提及的工程价款的计价方式及支付方式未被列入本条，是否属于实质性内容仍有争议。

根据《城乡规划法》的规定，取得建设工程规划许可证等规划审批手续是进行合法建设的前提。但未取得规划审批手续，是否会对施工合同效力产生影响，实践中也存在很大争议。浙江省高院的《解答》第二条规定未取得规划审批手续的施工合同无效，但可以补正，与本次的司法解释观点一致。值得注意的是，本次解释将补正规划审批手续的截止期限限定在起诉前，早于浙江省高院的《解答》以及征求意见稿规定的一审法院辩论终结前，将补正效力的截止时间提前至起诉前，有利于固定合同效力和总结庭审争议焦点。

在《建设工程司法解释二》出台前，《建设工程司法解释一》第二条明确无效施工合同的工程价款可参照施工合同结算，浙江省高院的《解答》第二十条明确无效施工合同的工程质量标准可参照合同约定、承包人出具的承诺，但对建设工期、工程价款支付时间等是否可以参照，没有规定。本条规定明确了无效合同下允许当事人参照合同约定的质量标准、建设工期、工程价款支付时间等内容来证明工程质量存在瑕疵、工期存在延误、进度款支付迟延等事实，并以此确定实际损失的大小。

在挂靠关系下，挂靠人和被挂靠人对外承担连带赔偿责任符合我国司法实践的普遍做法，亦符合《建筑法》第六十六条的规定。但是，《建筑法》第六十六条将损失范围限定于质量不符合标准造成的损失，而本条规定则使用了“等”字，扩大了承担连带赔偿责任的范围，但尚不明确，例如安全事故等是否适用本条规定。此外，实践中对损失是否因出借资质造成这一事实是由发包人还是承包人举证存有争议。

在实践中，往往存在记载不同开工日期的书面材料，还有承包人实际进场施工的日期，如何确定开工日期存在较多争议，浙江省高院的《解答》确立了开工通知、开工报告优先于实际开工日期的原则，但解释二对开工日期确定了新的认定方法：以开工通知为准，若此时不具备开工条件的，以具备开工条件的日期为准；上述日期前经发包人同意已进场施工的，以实际开工日期为准；没有开工通知也无法证明实际开工日期的，综合认定。

浙江省高院的《解答》第六条规定发包人仅以承包人未在规定时间内提出工期顺延申请而主张工期不能顺延的，该主张不能成立。而本条第一款虽然规定了承包人可以在事后对工期顺延权利的救济，但是也增加了承包人的举证义务，相较而言浙江省高院的规定更为合理。

本条旨在解决在承包人提起的建设工程施工合同纠纷案件中发包人以工程质量不符合标准时提出抗辩与反诉的界线，一定程度上解决了建设工程案件存在的相关争议问题。

本条确立了解决有约定以及未约定情形下的工程质量保证金返还期限的问题，但没有规定约定不明时如何处理。此外，本条第二款明确了返还工程质量保证金不影响承包人的工程保修义务，与示范文本中的质量缺陷期的概念相吻合。

本条规定了不属于必须招标的建设工程，在进行招标后也应当按照中标合同结算工程价款，这与《招投标法》第二条、第四十六条的规定相符，解决了实践中对这类情形的争议。该条适用于白合同在前，黑合同在后的情形，但没有明确相反情况下违法招投标时，应当以哪份合同结算，而浙江省高院的《解答》第十六条对该问题有明确规定。同时，本条对于发承包双方因方案变更、设计变更等客观原因变更实质性内容的，尊重双方意思自治，不认定为变更了实质性内容。

本条明确中标合同与招标文件、投标文件、中标通知书约定不一致时，应当以招标文件、投标文件、中标通知书作为结算工程价款的依据，而不以中标合同为依据，解决了实践中承包人在中标后迫于发包人压力签订于己不利合同的常见问题。但是，本条没有解决实践中更为常见的招标文件、投标文件、中标通知书相互矛盾的情形下如何认定工程范围、建设工期、工程质量、工程价款，甚为遗憾。

浙江省高院的《解答》第十六条对存在多份无效合同时如何结算工程价款作出了规定，与本条第一款的规定内涵相同，但本条第二款进一步确定了实践中实际履行的合同难以确定时，应参照最后签订的合同结算工程价款的规则。但是，本条与第十条规定的适用存在争议，若出现招投标文件、中标通知书合法有效，而多份施工合同均无效且内容与招投标文件、中标通知书均不一致时，到底应当适用第十条还是本条。

司法实践中常将咨询意见、鉴定意见与结算协议相混淆，出现发、承包方均已盖章确认的咨询意见因一方反悔，最终法院启动鉴定程序，现十二条、十三条厘清了结算协议与咨询意见、鉴定意见属不同性质，如已明确达成结算协议的，人民法院不应再启动鉴定程序。

本条第一款明确，当事人对专门性问题有争议，法院认为需要鉴定的，法院有释明的义务，当事人经释明仍不申请鉴定的，应承担举证不能的后果。但在司法实践中，法官释明权的界限、深度缺乏明确规定。本条第二款规定，对于当事人在一审中未申请鉴定，二审中又申请鉴定的，如果鉴定事项属于《民诉法解释》第一百七十条第一款第三项规定的未查明的基本事实，人民法院可以事实不清为由发回重审。

本条共有三个亮点，一是规定鉴定材料属于当事人提交的证据，应当先行组织对鉴定材料进行质证，再交鉴定机构鉴定，二是对需质证的鉴定材料限定为有争议的鉴定材料，没有争议的鉴定材料无需质证，三是鉴定期限由人民法院确定，能够一定程度解决实践中鉴定期限漫漫无期的问题。

本条进一步明确，鉴定材料应当经过质证才能作为鉴定依据，未经质证的鉴定材料经组织质证后不能作为鉴定依据的，据此作出的鉴定意见亦不得作为认定案件事实的依据。但是，本条规定存在一定缺陷，若鉴定意见中依据的部分鉴定材料未经质证认可，仅需对该部分鉴定意见进行修正，而不应推翻整份鉴定意见。

本条严格遵循了《合同法》第二百八十六条及合同相对性原则，明确了承包人享有建设工程价款优先受偿权，同时也排除了实际施工人等其他主体请求建设工程价款优先受偿权，与浙江省高院的《解答》第二十二条的规定以及最高人民法院此前的判例不一致，系考虑到实际施工人与发包人之间不存在直接合同关系，不应赋予其优先受偿权。此外，因转包、违法分包被法律明确禁止，若再赋予实际施工人建设工程价款优先受偿权，也会对建设工程市场产生负面导向作用。

与最高人民法院《关于装修装饰工程款是否享有合同法第二百八十六条规定的优先受偿权的函复》（(2004)民一他字第14号）内容基本一致。

十九条、二十条明确了不论施工合同是否有效，工程是否竣工，只要建设工程质量合格，承包人就可以依法主张优先受偿权，体现了《建设工程司法解释二》保障建设工程质量的价值取向。

本条对建设工程价款优先受偿的范围予以明确。根据《最高人民法院关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》第三条的规定，建设工程价款仅包括工作人员报酬、材料款等实际支出的费用，不包括因发包人违约所造成的损失，规定的优先受偿的范围过于狭窄。住建部《建设工程工程量清单计价规范》（2013版）第1.0.3条以及住建部、财政部《建筑安装工程费用项目组成》（2013版）第一条第一项规定，建设工程的价款还包括施工机具使用费、企业管理费、利润、规费和税金等，本条将上述项目纳入优先受偿范围，更好地保护了承包人的合法权益。同时，本条还规定逾期支付工程价款的利息、违约金、损害赔偿金等不属于优先受偿范围，解决了实践中长期的争议，但遗憾的是本条对因发包人原因所致承包人停窝工的人、材、机等损失是否属于优先受偿范围没有规定，相关争议尚存。

《最高人民法院关于建设工程价款优先受偿权问题的批复》第四条规定，承包人行使优先受偿权的期限为六个月，自建设工程竣工之日或者建设工程合同约定的竣工之日起计算。本条重新规定优先受偿权的起算点，因为债权到期是行使优先受偿权的前提，也是《合同法》第二百八十六条的应有之义。

本条明确了发包人与承包人关于建设工程价款优先受偿权的约定不得损害建筑工人的利益，体现了《建设工程司法解释二》保护建筑工人权益的价值取向。但对承包人怠于主张优先受偿权，而实际施工人又无法主张优先受偿权的情况下，建筑工人的权益如何得到保障的问题在本条中尚未得到解决。

《建设工程司法解释一》第二十六条第二款规定，实际施工人以发包人为被告主张权利的，人民法院“可以”追加转包人或者违法分包人为本案当事人。本条将其改为“应当”追加，明确了人民法院应依职权追加转包人或者违法分包人作为第三人参加诉讼，程序更加合理，也便于法院查明事实。但司法实践中发包人是否拖欠工程款由谁举证存在争议。

根据本条规定，实际施工人通过代位权之诉可以主张享有优先受偿权，但是否符合代位求偿权的构成要件，举证要求较高。第二十四条相较于本条，实际施工人可以直接向发包人主张，但不享有优先受偿权。实际施工人可择一进行救济。

本条属于附则部分，说明了解释开始施行的日期，适用施行当时处于不同审级的案件范围，明确了之前发布的司法解释与本解释规定不一致的，均应适用本解释的规定。

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